A javaslatok jóval szorosabb jövőbeni kapcsolattartást indítványoznak az EU-val, mint amilyent a kormányzó Konzervatív Párt keményvonalas Brexit-tábor látni szeretett volna. Jóllehet az indítványt Johnson is elfogadta, hétvégi londoni sajtóbeszámolók szerint azonban később keresetlen – enyhébb trágárságokat sem nélkülöző – kifejezésekkel illette a dokumentumot. Az Európai Bizottság számára kidolgozott legújabb brit kormányzati indítvány egyik legsarkalatosabb eleme az, hogy London közös szabadkereskedelmi térség létrehozását javasolja az EU-nak a fizikai áruk forgalmának szabályozására, biztosítva a „súrlódásmentes” kereskedelmet Nagy-Britannia és az EU között a Brexit után is.

A brit kormány indítványa szerint London és az EU közös szabálygyűjteményt tartana fenn minden áruféleség kétoldalú forgalmára. Emellett fokozatosan kialakítanának egy olyan vámszabályozási rendszert is, amelyben szükségtelen lenne a vámellenőrzés a kétoldalú kereskedelemben, olyan módon, mintha Nagy-Britannia és az Európai Unió „kombinált vámtérséget” alkotna. Johnson nem először fordult szembe saját kormánya és miniszterelnöke Brexit-politikájával. Néhány hete „őrültségnek” nevezte Theresa May azon kezdeményezését, hogy Nagy-Britannia a brit EU-tagság megszűnése után is tartson fenn az unióval valamilyen vámuniós mechanizmust, elkerülendő, hogy Észak-Írország és Írország jelenleg teljesen nyitott határán – amely a Brexit után az EU és az Egyesült Királyság egyetlen szárazföldi vámhatára lesz – fizikai vámellenőrzést kelljen ismét meghonosítani.

A tervről Johnson a Daily Mail című konzervatív, erősen EU-ellenes irányvonalú brit tömeglapnak nyilatkozva májusban kijelentette: ha Nagy-Britannia vámpartnerségi kapcsolatrendszert hoz létre az EU-val a Brexit után, abból „egy olyan őrült rendszer születne”, amelyben London az Európai Unió nevében szedne be vámokat a brit határon átlépő importáruk után. A volt külügyminiszter nem egyszer kabinetbeli kollégáit is bírálta. Legutóbb június végén, egy londoni üzleti rendezvényen – szavait nem a nyilvánosságnak szánva – azt mondta, hogy a Philip Hammond vezette pénzügyminisztérium a brit EU-tagság fenntartására törekvő tábor központja. Johnson rögzített, majd kiszivárogtatott megjegyzései szerint a pénzügyminisztérium annyira fél a rövid távú gazdasági fennakadásoktól, hogy ezek elkerülése végett feláldozza a Brexittől várható közép- és hosszú távú gazdasági előnyöket is.

Johnson 2016-ban, Cameron lemondása után maga is indulni kívánt a miniszterelnöki tisztségért, ám saját kampánymenedzsere, Michael Gove jelenlegi környezetvédelmi, élelmiszer- és vidékügyi miniszter az utolsó pillanatban megvonta tőle támogatását és bejelentette saját indulási szándékát.
Ezután Boris Johnson nem indult a kormányfői posztért, Gove pedig a második választási fordulóban kiesett. Theresa Mayt a döntő fordulóban – utolsó vetélytársának visszalépése után – egyedüli indulóként miniszterelnökké választotta a tory frakció.