Ez a tény azonban nem tette kötelezővé, hogy a skót parlament is őt válassza a miniszterelnöki tisztségre, és az ellenzéki pártok vezetői kivétel nélkül indultak is a miniszterelnöki posztért. A képviselők egyenként voksoltak a jelöltekről, és mindegyik jelölt megkapta pártja frakciójának összes szavazatát. Így Douglas Ross, a skót konzervatívok vezetője 31, Anas Sarwar, a skót Munkáspárt vezetője 22, Alex Cole-Hamilton, a Liberális Demokraták skóciai tagozatának vezetője négy voksot gyűjtött. Humza Yousaf ugyanakkor megszerezte az SNP 64 parlamenti képviselőjének voksát, és a Skót Nemzeti Párttal szövetégben politizáló skóciai Zöldek hét képviselője is őt támogatta a kedd délutáni szavazáson. Így 71 szavazattal Yousaf szerzett többséget a 129 fős edinburghi törvényhozásban a keddi miniszterelnök-választáson.

Humza Yousaf a keddi parlamenti voksolás utáni első beszédében is hitet tett Skócia függetlenné válása mellett. Úgy fogalmazott: a skót kormány kevésbé hatékonyan tudja elérni elsődleges fontosságú céljait, köztük a függetlenséget, ha hagyja, hogy a brit kormány „önkényesen megvétózza” az edinburgh-i törvényhozás döntéseit. Yousaf már előző nap, az SNP vezetői tisztségéért lezajlott versengés eredményhirdetése után is megerősítette, hogy változatlanul a skót függetlenség a párt célja. Ennek elérésére nem jelölt ki céldátumot, de úgy fogalmazott, hogy „mi leszünk az a nemzedék, amelyik elnyeri Skócia függetlenségét”. Yousaf hangsúlyozta azt is, hogy Skócia független országként vissza akar térni az Európai Unióba.

Humza Yousaf elődje, Nicola Sturgeon 2023. október 19-ét jelölte ki a skót függetlenségről tartandó újabb népszavazás időpontjául. A brit legfelsőbb bíróság azonban tavaly novemberben olyan végzést hozott, amely szerint a skót parlament nem alkothat önállóan, a brit kormány hozzájárulása nélkül törvényt az újabb skóciai függetlenségi népszavazás kiírásáról, mivel ez olyan hatásköröket érintene, amelyeket az egyébként igen széleskörű skóciai önrendelkezést megteremtő, 1999-ben kelt törvény meghagyott a brit parlament és a brit kormány felelősségi körében.

A skót függetlenségről 2014 szeptemberében már tartottak egy népszavazást, de akkor az elszakadást ellenzők győztek 55 százalékos többséggel, és a konzervatív párti brit kormány mereven elveti az újabb skót függetlenségi népszavazás engedélyezését. A skóciai népszavazás újbóli kiírása azonban a brit EU-tagságról 2016-ban tartott referendum óta ismét folyamatosan napirenden van, miután országos átlagban a résztvevők szűk, 51,89 százalékos többsége a kilépésre, a skótok 62 százaléka viszont a bennmaradásra voksolt. Nicola Sturgeon azóta rendszeresen hangoztatta, hogy elengedhetetlenné vált az újabb függetlenségi népszavazás, mivel Skóciát egyértelműen kinyilvánított bennmaradási szándéka ellenére London „kiszakította” az Európai Unióból.